要保持食用菌的新鮮、優質，必須妥善保藏菌種，使靈芝菌株新陳代謝速率減緩，避免菌種衰老死亡，可置菌種在清潔干燥、冷凍、低溫、缺氧的環境中保存。現具體介紹以下幾種方法：

　　在外面包一層塑料薄膜或牛皮紙，以防水分蒸發，而后置于冰箱內4℃條件下保存，菌絲在此溫度下幾乎停止生長而處于“休眠”狀態，代謝作用緩慢從而延長保存時間。

　　保存過程中要注意幾點：

　　1.溫度不能太低，否則斜面培養基易脫水結白而凍死菌種。

　　2.低溫保存的菌種，每隔三四個月須轉管一次。

　　3.保存期間要經常檢查棉塞是否受潮，否則要及時更換棉塞(無菌棉塞)，以免感染雜菌。

　　4.對于低溫保存較長的菌種，使用前必須先把菌種放在適宜溫度下讓其“蘇醒”，恢復菌絲的生命活力。

　　該方法簡單易行，設備儀器簡便，應用范圍廣，無論科研單位還是栽培生產單位，都可采取低溫保存菌種，但由于經常要轉接試管，代數過多會退化菌種，且費工費時。